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中國科學院系統(tǒng)科學研究所1979年10月成立。我國著名科學家關肇直院士、吳文俊院士、許國志院士為主要創(chuàng)始人。關肇直院士為首任所長。繼任所長成平研究員、陳翰馥院士、郭雷院士，現(xiàn)任所長高小山研究員，副所長張紀峰研究員，所長助理楊曉光研究員。

　　系統(tǒng)科學研究所以多學科交叉為特點，在系統(tǒng)控制、數(shù)學機械化、系統(tǒng)運籌與管理、統(tǒng)計與科學計算、復雜系統(tǒng)以及某些近代數(shù)學分支等多個學科領域的研究具有鮮明的特色和突出的優(yōu)勢。

　　1998年12月系統(tǒng)科學研究所與其他三個數(shù)學類研究所(數(shù)學所、應用數(shù)學所、計算數(shù)學與科學工程計算研究所)整合組建了數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院，并進入了 中國科學院知識創(chuàng)新工程。系統(tǒng)科學研究所逐漸成為單純的學術機構。其整體實力雄厚，在65名科研人員中，中國科學院院士5人，中國工程院院士1人，研究員 33人。

　　系統(tǒng)科學研究所共有七個博士點，分別分布在數(shù)學、系統(tǒng)科學、管理科學與工程三個一級學科中。系統(tǒng)科學研究所也是首批被國家批準的具有博士后流動站的單位之一，現(xiàn)有數(shù)學、系統(tǒng)科學、管理科學與工程三個博士后流動站。

　　系統(tǒng)科學研究所學術活動活躍，多次組織大型國際學術會議。全國性一級學會中國系統(tǒng)工程學會掛靠我所，歷屆理事長均由系統(tǒng)科學所科研人員擔任。由我所主辦的 《系統(tǒng)科學與數(shù)學》刊物和系統(tǒng)工程學會會刊 《系統(tǒng)工程理論與實踐》在國內(nèi)有著重要影響。2001年又創(chuàng)辦了新的英文刊物 "J. of Systems Science and complexity"。

　　系統(tǒng)科學研究所與國內(nèi)外許多學術團體和機構保持密切聯(lián)系，并在其中發(fā)揮著重要作用。所內(nèi)有20余位研究人員在國內(nèi)外近40個重要學術組織和學會中任職，30余位研究人員在國內(nèi)外幾十種重要學術刊物上任編委、執(zhí)行編委、副主編、顧問等職。