基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院的前身是醫(yī)學(xué)基礎(chǔ)部，始建于1959年1月，1998年9月更名為基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院。
學(xué)院下設(shè)學(xué)院辦公室、教研科、學(xué)生工作辦公室、學(xué)院團(tuán)委4個行政職能部門，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系、生命科學(xué)與技術(shù)系、生物醫(yī)學(xué)工程系、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)中心4個教學(xué)系（中心）和基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗中心、廣西“神經(jīng)生物學(xué)研究”特聘專家實驗室2個科研實驗室，其中基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)系涵蓋6個教研室即微生物學(xué)教研室、免疫學(xué)教研室、人體解剖學(xué)教研室、組織學(xué)與胚胎學(xué)教研室、病理生理學(xué)教研室、寄生蟲學(xué)教研室，生命科學(xué)與技術(shù)系涵蓋4個教研室即生理學(xué)教研室、生物化學(xué)與分子生物學(xué)教研室、生物技術(shù)教研室、細(xì)胞生物學(xué)與遺傳學(xué)教研室，生物醫(yī)學(xué)工程系涵蓋4個教研室即物理學(xué)教研室、電子學(xué)教研室、醫(yī)療儀器與臨床工程教研室、數(shù)學(xué)與信息工程教研室，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗教學(xué)中心涵蓋3個教學(xué)實驗室（中心）即實驗生理科學(xué)實驗中心、形態(tài)學(xué)實驗室、分子醫(yī)學(xué)教學(xué)實驗室。
學(xué)學(xué)院現(xiàn)有教職員工188人，專任教師130人。博士55人，碩士69；具有正高職稱24人，副高職稱44人。近年來，獲國家“萬人計劃”教學(xué)名師1人、國務(wù)院政府特殊津貼專家1人、廣西留學(xué)回國人員先進(jìn)個人1人、“廣西新世紀(jì)十百千人才工程”第二層次人選2人、廣西高等教育研究突出貢獻(xiàn)學(xué)者1人、廣西特聘專家1人、廣西高校人才小高地“八桂學(xué)者”1人、廣西高校“八桂名師”1人、廣西高校“教學(xué)名師”1人、廣西五一勞動獎?wù)?人、廣西青年五四獎?wù)?人……
學(xué)院有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)博士后科研流動站1個，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)一級學(xué)科博士學(xué)位授權(quán)點1個，基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、生物學(xué)一級學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點2個；有人體解剖與組織胚胎學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、醫(yī)學(xué)生物化學(xué)與分子生物學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)5門廣西高校重點學(xué)科，人體發(fā)育與疾病研究重點實驗室、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)研究重點實驗室、生物分子醫(yī)學(xué)研究重點實驗3個廣西高校重點實驗室。
學(xué)院開設(shè)有生物技術(shù)、生物醫(yī)學(xué)工程2個全日制本科專業(yè)和醫(yī)學(xué)美容技術(shù)醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)2個高職專業(yè)，承擔(dān)全校臨床醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、護(hù)理學(xué)、信息管理與信息系統(tǒng)、醫(yī)學(xué)檢驗、公共事業(yè)管理等多專業(yè)的博士生、碩士生、臨床醫(yī)學(xué)5+3一體化、七年制本科生、五年制本科生、外國留學(xué)生、高職高專生以及各類成人教育等多專業(yè)、多層次的基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)課程的教學(xué)任務(wù)。現(xiàn)有國家級教學(xué)團(tuán)隊1個（組織學(xué)與胚胎學(xué)教學(xué)團(tuán)隊），省級教學(xué)團(tuán)隊4個（組織學(xué)與胚胎學(xué)教學(xué)團(tuán)隊、生物化學(xué)與分子生物學(xué)教學(xué)團(tuán)隊、實驗生理科學(xué)教學(xué)團(tuán)隊、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)實驗創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)教學(xué)團(tuán)隊），實驗教學(xué)（示范）中心3個（基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)虛擬仿真實驗教學(xué)中心、實驗生理科學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)）；有來華留學(xué)英文授課品牌課程、國家級精品課程、國家級雙語教學(xué)示范課程、國家精品資源共享課程各1門（組織學(xué)與胚胎學(xué)），自治區(qū)級精品課程9門（組織學(xué)與胚胎學(xué)、人體解剖學(xué)、生物化學(xué)、人體寄生蟲學(xué)、微生物學(xué)、醫(yī)學(xué)免疫學(xué)、生理學(xué)、實驗生理科學(xué)、醫(yī)用物理學(xué)）。
學(xué)院還負(fù)責(zé)臨床醫(yī)學(xué)五年制專業(yè)1-3年級、七年制臨床醫(yī)學(xué)專業(yè)1-4年級、生物醫(yī)學(xué)工程、生物技術(shù)、醫(yī)學(xué)美容技術(shù)和醫(yī)學(xué)檢驗技術(shù)等專業(yè)約4000名學(xué)生的管理工作。
近五年，學(xué)院獲科研立項課題143項，其中國家自然科學(xué)基金課題38項、省級課題52項，教育廳科研項目25項，研究經(jīng)費總計約2192萬元。獲廣西科技進(jìn)步一等獎1項、二等獎1項，廣西自然科學(xué)二等獎1項，授權(quán)發(fā)明專利6件，發(fā)表學(xué)術(shù)論文429多篇，其中SCI、EI、ISTP收錄109篇，其中單篇最高影響因子達(dá)15.606分（PRRT2 deficiency induces paroxysmal kinesigenic dyskinesia by regulating synaptic transmission in cerebellum，Cell Research）。
學(xué)院先后和德國、美國、英國、丹麥、奧地利、比利時、日本、新加坡、香港等國家和地區(qū)高等院校、科研院所建立了長期合作關(guān)系，為學(xué)院的長期發(fā)展創(chuàng)造了良好的外部環(huán)境。學(xué)院還積極承辦和參與籌備國內(nèi)國際會議。學(xué)院教師曾數(shù)次在全國甚至是國際會議上發(fā)言并做主題報告。