研究生院是我校的學位與研究生教育的職能部門，從事研究生招生、培養(yǎng)、學籍管理、學位授予、就業(yè)、思想政治教育、黨建、導(dǎo)師遴選和學科建設(shè)等日常管理工作。目前研究生院設(shè)有招生辦公室、培養(yǎng)科、學位辦、專業(yè)學位教育科、黨工委、分團委、學科辦等工作機構(gòu)，現(xiàn)有工作人員19名。我校研究生教育始于1952年學校成立之初，1978年我國恢復(fù)研究生教育以后，我校研究生教育得到了較快的發(fā)展。1981年我國實施學位制度時，我校是首批具有碩士學位、博士學位授予權(quán)的單位之一。目前在校各類研究生數(shù)近7000人，其中博士生810人，科學碩士生2295人，全日制專業(yè)學位研究生1351人，非全日制專業(yè)學位研究生2460人。
南京林業(yè)大學現(xiàn)有博士學位授權(quán)一級學科7個，碩士學位授權(quán)一級學科19個，博士學位授權(quán)二級學科39個，碩士學位授權(quán)二級學科82個，分布在理學、工學、農(nóng)學、管理學、設(shè)計學、哲學、經(jīng)濟學、法學、文學等9個學科門類。擁有一級學科國家級重點學科1個、二級學科國家重點學科5個，江蘇省一級學科國家重點學科培育點1個，江蘇高校優(yōu)勢學科4個，一級學科江蘇省重點學科3個、一級學科江蘇省重點培育學科1個、二級學科江蘇省重點學科4個，國家林業(yè)局重點學科7個。
    南京林業(yè)大學是全國首批具有博士和碩士學位整體授予權(quán)的高校之一，學校研究生指導(dǎo)教師隊伍實力雄厚，現(xiàn)有中國工程院院士2人，外聘院士7人，“長江學者獎勵計劃”特聘教授1人，國家杰出青年基金獲得者1人，國務(wù)院學科評議組成員3人，國家千百萬人才工程國家級人選3人，江蘇省“333工程”第一層次人選3人，江蘇特聘教授8人，省級教學名師3人，博士生導(dǎo)師162人，具有正高職稱222人，副高職稱509人。
為培養(yǎng)創(chuàng)新型人才，我校著力注重培養(yǎng)目標管理和培養(yǎng)階段的過程管理。規(guī)范課程教學、中期考核、文獻閱讀、學位論文開題、論文答辯等一系列工作。研究生院圍繞營造學術(shù)氛圍，向管理要質(zhì)量開展日常工作。在辦學條件上，我校配備有研究生專用多媒體教室。研究生院黨工委在研究生中開展形式多樣的黨團活動和政治思想教育工作，鼓勵研究生參加“三助”活動和內(nèi)容豐富的體育及文娛活動。
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