新疆大學(xué)于20世紀60年代正式組建馬列主義教研部，90年代更名為社科部。2006年1月社科部與政治、公共管理等相關(guān)專業(yè)系合并，成立政治與公共管理學(xué)院。2011年獨立設(shè)置馬克思主義學(xué)院。
目前，學(xué)院在編教職工63人，專任教師57人，兼任教師18名。現(xiàn)設(shè)有6個教研室：馬克思主義基本原理教研室、思想道德修養(yǎng)與法律基礎(chǔ)教研室、新疆歷史與民族理論政策教程教研室、中國近現(xiàn)代史綱要教研室、毛澤東思想和中國特色社會主義理論體系概論教研室、形勢與政策教研室。設(shè)有馬克思主義理論一級學(xué)科博士點，博士后流動站，馬克思主義理論、哲學(xué)一級學(xué)科碩士點2個，馬克思主義民族理論與政策二級學(xué)科碩士點1個。已形成碩士、博士、博士后流動站等較為完備的高層次人才培養(yǎng)體系。
2016年11月新疆大學(xué)馬克思主義理論學(xué)科獲批自治區(qū)“十三五”高峰學(xué)科。2017年新疆大學(xué)進入全國“雙一流”大學(xué)建設(shè)行列，馬克思主義理論學(xué)科進入“一流學(xué)科”建設(shè)行列。2017年12月全國第四輪學(xué)科評估結(jié)果中，馬克思主義理論位列B檔學(xué)科，排名66位，28.57%，進入前30%。
學(xué)院有多個科研與教研平臺：“新疆大學(xué)習(xí)近平新時代中國特色社會主義思想研究中心”、“新疆意識形態(tài)安全研究中心”、 “自治區(qū)高?；鶎狱h務(wù)工作者研修基地”。有全國高校思政理論課教學(xué)科研團隊擇優(yōu)支持計劃1項、自治區(qū)優(yōu)秀教學(xué)團隊1個。自治區(qū)精品（重點）課程3門，國家級精品資源共享課1門。
近三年來，學(xué)院承擔了與馬克思主義理論相關(guān)的各級各類科研課題50余項，其中1項為教育部重大課題攻關(guān)項目，1項為國家社科基金重大項目（研究和闡述19大精神專項課題），課題研究總經(jīng)費300萬元。出版學(xué)術(shù)專著、教輔教材8部，在《思想理論教育導(dǎo)刊》《社會主義研究》等學(xué)術(shù)期刊發(fā)表論文200余篇，多篇被《人大復(fù)印報刊資料》全文轉(zhuǎn)載。獲各級各類教學(xué)科學(xué)研究獎15項。
學(xué)院秉承“追求真理、崇尚科學(xué)、立德樹人、服務(wù)社會”的發(fā)展理念，堅持以人才培養(yǎng)為目標，以“立德樹人”為根本，發(fā)揮學(xué)科建設(shè)對思想政治理論課教育教學(xué)的支撐作用，教學(xué)與科研并舉、學(xué)科建設(shè)與人才培養(yǎng)并重，努力把學(xué)院建設(shè)成為與“雙一流”大學(xué)相適應(yīng)的高水平馬克思主義學(xué)院，建成在全國有重大影響力的思想政治理論教育教學(xué)基地、馬克思主義理論研究基地、馬克思主義理論高層次人才培養(yǎng)基地。