在數(shù)十年歷史中，湯用彤、宗白華、方東美、唐君毅、牟宗三、殷海光、熊偉、潘菽、孫叔平、孫伯鍨等一批哲學大師和著名學者曾先后在本系任教。本系教師胡福明在1978年撰寫的《實踐是檢驗真理的唯一標 準》一文在當時的思想解放運動中產(chǎn)生了歷史性重大影響，并直接成為改革開放的理論先聲。在數(shù)代學者的努力下，本系形成了既注重學科基礎研究、又關注現(xiàn)實社會生活的優(yōu)良傳統(tǒng)，迄今已發(fā)展成為人才培養(yǎng)層次完備，師資力量雄厚，學科比較齊全，研究成就顯著，在國內外有重要影響的哲學教學與研究基地。在近五年的哲學學科排名中，南京大學哲學系一直穩(wěn)居全國前三名。

本系是我國首批獲得博士學位授予權的哲學系之一。2002年成為哲學一級學科博士學位授權單位，下設馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、邏輯學、倫理學、宗教學、科學技術哲學、東方哲學與宗教學等八個博士點和馬克思主義哲學、中國哲學、外國哲學、邏輯學、倫理學、宗教學、科學技術哲學七個碩士點，并設立涵蓋上列所有學科的哲學博士后流動站。其中馬克思主義哲學專業(yè)為全國重點學科，宗教學專業(yè)為江蘇省重點學科。2008年哲學一級學科入選江蘇省一級重點學科。本系教師還主持南京大學馬克思主義理論一級學科博士點的建設工作。各學科層次亦均可接受訪問學者、進修教師和海外留學生。

改革開放以來，本系在教學、研究和學科建設上取得了豐碩成果，其中既有在國內外處于領先地位或先進水平的基礎理論成果，也有直接服務于經(jīng)濟社會文化發(fā)展的應用型成果。許多成果在國內外產(chǎn)生了廣泛影響?，F(xiàn)擁有一批學術造詣深厚，教學經(jīng)驗豐富，在海內外學術界有一定聲望的老中青學者，已形成年齡與專業(yè)結構合理的學術梯隊。

2000年以來，本系通過學科間優(yōu)化組合、通力合作，承擔了南京大學“創(chuàng)建世界高水平大學985工程”一期學科重點項目“哲學與當代中國的發(fā)展”、“儒釋道與宗教學綜合研究”和“現(xiàn)代西方哲學思潮研究”以及多項教學研究項目，研究條件有了較大改善，研究成果和學科建設取得了一系列重大進展。在985工程二期建設中，本系主持的“當代資本主義研究中心”和“宗教與文化研究中心”入選國家哲學社會科學創(chuàng)新基地，“馬克思主義社會理論研究中心”入選教育部人文社會科學重點研究基地，帶動了學科建設的整體發(fā)展。此外，本系還主持南京大學馬克思主義研究院、中國文化研究院、中國哲學與宗教文化研究所、儒學與基督教比較研究中心、猶太文化研究所、旭日佛學研究中心、現(xiàn)代邏輯與邏輯應用研究所、科學技術與社會研究所、東方道德研究中心等科研機構的工作。

本系致力于加強對外交流與合作，聘請了多位國際著名哲學家為兼職教授，與國外及港澳臺多所大學和研究機構建立了穩(wěn)定的合作與交流關系，舉辦了多次有重要影響的國際或兩岸學術會議。每年均邀請數(shù)十位海外知名學者來系訪問講學，并有數(shù)十人到國外或港澳臺地區(qū)訪問講學或參加學術會議，取得了良好成效。

本系具有良好的教學、研究條件。系圖書資料室藏書30萬冊（其中有《四部叢刊》、《中華大藏經(jīng)》、《道藏》、《古今圖書集成》等重要典籍），中外文期刊200余種，并和一些國家和地區(qū)的大學建立了緊密的資料交流。另設有現(xiàn)代化多媒體機房，可供師生直接在互聯(lián)網(wǎng)上檢索與閱讀學術資料，并提供多媒體教學服務。

本系是南京大學文科基礎人才培育基地之一，十分注重學生的全面素質和創(chuàng)新能力的培養(yǎng)，著眼于培育基礎扎實、知識面寬、適應性強的復合型人才，實行課堂教學、學術活動、社會實踐相結合的“三元”教學模式，全面提高學生的綜合素質。在本科生培養(yǎng)方面，近年來進行了以夯實理論基礎、拓寬知識面、加強邏輯思維訓練、培養(yǎng)閱讀能力、提高論辯素養(yǎng)、強調經(jīng)世致用、革新教學手段、加強教材建設為指導思想的教學改革。在研究生培養(yǎng)方面，各專業(yè)均以“建設一流學科、培養(yǎng)一流人才”為宗旨，注重培養(yǎng)研究生的理論思維素養(yǎng)、探索創(chuàng)新能力和綜合素質培育。在嚴格管理的前提下，鼓勵研究生參予各種學術活動，以本系研究生為主體的“博士論壇”在校內外有著廣泛影響。除學校設立的獎學金外，本系還通過對外合作，設立了周恩來獎、金箔獎、華藏獎、道教獎、殷海光邏輯獎等一系列專項獎學金。多年來，該系培養(yǎng)了一大批哲學及相關學科教學科研高級專門人才和管理決策人才。各層次畢業(yè)生均以其較強的思想理論素養(yǎng)和實際工作能力、高度的社會責任感和健全的心理素質而享有良好的聲譽。

本系首任系主任由著名的“學衡派”領袖、時任副校長的劉伯明教授兼任，此后，湯用彤、宗白華、方東美、唐君毅、牟宗三、熊偉、孫叔平、夏基松、林德宏、張一兵教授曾先后任系主任，現(xiàn)任系主任為宗教學與中國哲學專家徐小躍教授。