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據(jù)2014年2月學校官網(wǎng)顯示，學校設(shè)有臨床醫(yī)學、基礎(chǔ)醫(yī)學、藥學3個一級學科碩士學位授權(quán)點，涵蓋3個一級學科所屬二級學科46個專業(yè)，本科層次開設(shè)有醫(yī)學、理學和管理學3個學科門類、27個專業(yè)（含方向），?？茖哟尉邆湔猩Y格的專業(yè)有21個；國家臨床重點?？平ㄔO(shè)項目1個（急診醫(yī)學）、國家中醫(yī)藥管理局中醫(yī)藥重點學科1個（中醫(yī)肝膽病學）。擁有省級重點學科（含醫(yī)學重點學科）8個（內(nèi)科學、藥物化學、婦產(chǎn)科學、神經(jīng)內(nèi)科學、醫(yī)學影像學、病理學等）。
教學建設(shè)
教學成果
據(jù)2014年2月學校官網(wǎng)顯示，學校擁有國家特色專業(yè)建設(shè)點2個（藥學專業(yè)、臨床醫(yī)學專業(yè)），國家級教育培訓基地1個（衛(wèi)生部全科醫(yī)學?？漆t(yī)師培訓（海南）試點基地）、全國科普教育基地1個（海南省人類生命科技館）、國家級實驗教學示范中心建設(shè)單位1個（臨床技能實驗教學中心）、國家精品視頻公開課建設(shè)選題1項（《病理學》課程“腫瘤知識ABC”）。
建有省級教學示范中心3個（臨床技能實驗教學中心、基礎(chǔ)醫(yī)學教學中心、教育技術(shù)中心）、省級特色專業(yè)8個（臨床醫(yī)學、藥學、預防醫(yī)學、中醫(yī)學、醫(yī)學影像學、護理學、醫(yī)學檢驗、口腔醫(yī)學）、省級教學團隊4個（實驗生理科學、醫(yī)學影像學、藥學、病理學）、省級重點課程3門（生物化學與分子生物學、生理學、病理學與病理生理學）及17門省級精品課程（醫(yī)學免疫學、病理學、診斷學、生理學、生物化學、臨床生物化學與生物化學檢驗、系統(tǒng)解剖學、流行病學、組織學與胚胎學、醫(yī)學微生物學、病理生理學、人體寄生蟲學、普通心理學、天然藥物化學、醫(yī)學影像學、臨床血液學與檢驗等）。 
從1996年開始，學校陸續(xù)出臺了課程建設(shè)標準和管理辦法。據(jù)2014年2月學校官網(wǎng)顯示，學校共開設(shè)了749門課程，其中，本科課程449門，?？萍俺扇私逃n程300門；各專業(yè)課程全部通過了合格課程評估；校級重點課程5門，校級精品課程10門，在建網(wǎng)絡課程208門，優(yōu)秀網(wǎng)絡課程15門。獲得教育教學研究課題109項，學校教育教學研究課題72項，學校CAI課件立項30項，省級教學成果6項，全國多媒體教育軟件4項，省級多媒體教材（軟件）獎18項。
此外，海南醫(yī)學院附屬醫(yī)院是全國綜合醫(yī)院中醫(yī)藥工作示范單位、海南省首家國家醫(yī)師資格考試實踐技能考試基地與考官培訓基地、海南省唯一的國際旅行者醫(yī)療救助協(xié)會（IAMAT）成員單位、國家衛(wèi)生部人類輔助生殖技術(shù)技術(shù)準入機構(gòu)、國家人力資源和社會保障部批準的目前全省惟一的博士后科研工作站的醫(yī)療機構(gòu)。