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截至2013年底，學(xué)院有國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點建設(shè)學(xué)科2個，廣西高校重點學(xué)科3個，廣西衛(wèi)生重點建設(shè)學(xué)科1個；有2個為碩士授權(quán)一級學(xué)科。
國家中醫(yī)藥管理局“十二五”重點建設(shè)學(xué)科：中醫(yī)康復(fù)學(xué) 、中藥化學(xué) 
廣西高校重點學(xué)科：生物化學(xué)與分子生物學(xué)、人體解剖與組織胚胎學(xué)、小兒腎臟病學(xué)
廣西衛(wèi)生重點建設(shè)學(xué)科：神經(jīng)病學(xué)
碩士授權(quán)一級學(xué)科：臨床醫(yī)學(xué)、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)