內(nèi)蒙古醫(yī)科大學(xué)1978年開(kāi)始招收研究生，1981年獲得碩士學(xué)位授權(quán)資格，現(xiàn)有基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、中醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、中藥學(xué)、護(hù)理學(xué)6個(gè)一級(jí)學(xué)科、47個(gè)二級(jí)學(xué)科碩士學(xué)位授權(quán)點(diǎn)。2003年獲準(zhǔn)成為臨床醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)單位，2009年獲準(zhǔn)成為口腔醫(yī)學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)單位，2014年獲準(zhǔn)成為藥學(xué)、護(hù)理碩士專業(yè)學(xué)位培養(yǎng)單位。從2005年起，先后與北京中醫(yī)藥大學(xué)、首都醫(yī)科大學(xué)、天津中醫(yī)藥大學(xué)聯(lián)合培養(yǎng)蒙醫(yī)學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合、中醫(yī)內(nèi)科學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)、外科學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、中藥學(xué)等7個(gè)學(xué)科的博士研究生。2009年，學(xué)校被內(nèi)蒙古自治區(qū)政府確定為自治區(qū)博士學(xué)位授權(quán)立項(xiàng)建設(shè)單位。學(xué)校率先在全國(guó)建立了能夠同時(shí)培養(yǎng)本科生、碩士生、博士生層次齊全的民族醫(yī)學(xué)高等教育體系，形成了現(xiàn)代醫(yī)藥學(xué)、中醫(yī)藥學(xué)、蒙醫(yī)藥學(xué)高等教育“三位一體”的辦學(xué)特色。
研究生學(xué)院設(shè)有綜合辦公室、招生辦公室、培養(yǎng)辦公室、學(xué)位辦公室、博士教育辦公室、學(xué)生工作（團(tuán)總支）辦公室6個(gè)科室，共有工作人員10名?，F(xiàn)有30個(gè)研究生培養(yǎng)單位，分布在全區(qū)8個(gè)盟市?，F(xiàn)有研究生導(dǎo)師540名。目前在校研究生1475人，37年來(lái)共培養(yǎng)研究生5240人。研究生學(xué)院在學(xué)校黨政的領(lǐng)導(dǎo)下，堅(jiān)持以社會(huì)為本的辦學(xué)宗旨和發(fā)展思路，不斷提高服務(wù)意識(shí)和管理水平。
研究生學(xué)院在學(xué)校黨委、行政的領(lǐng)導(dǎo)下把“穩(wěn)步發(fā)展學(xué)術(shù)型研究生教育，大力發(fā)展專業(yè)學(xué)位研究生教育，積極發(fā)展在職申請(qǐng)碩士學(xué)位教育，重點(diǎn)突破博士建設(shè)立項(xiàng)單位”作為一切工作的指導(dǎo)思想，各項(xiàng)工作穩(wěn)步推進(jìn)，取得了突出的成績(jī)。
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