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截至2014年4月，該校擁有2個(gè)博士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科點(diǎn)，共26個(gè)博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科點(diǎn)，擁有臨床醫(yī)學(xué)博士專(zhuān)業(yè)學(xué)位授予權(quán)，有10個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科點(diǎn)，74個(gè)碩士學(xué)位授權(quán)學(xué)科點(diǎn)。建立了3個(gè)博士后科研流動(dòng)站。
皮膚病與性病學(xué)為國(guó)家重點(diǎn)學(xué)科，中藥藥理學(xué)、中醫(yī)腫瘤病學(xué)為國(guó)家中醫(yī)藥重點(diǎn)學(xué)科，有12個(gè)國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科，19個(gè)省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科，42個(gè)省級(jí)臨床醫(yī)學(xué)重點(diǎn)學(xué)科和重點(diǎn)扶持學(xué)科 。在ESI（基本科學(xué)指標(biāo)數(shù)據(jù)庫(kù)）中，該校臨床醫(yī)學(xué)學(xué)科排名全球前1%  。
博士后科研流動(dòng)站（3個(gè)）
藥學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)

博士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科點(diǎn)（2個(gè)）
臨床醫(yī)學(xué)、藥學(xué)
博士學(xué)位授權(quán)學(xué)科點(diǎn)（26個(gè)）
免疫學(xué)、內(nèi)科學(xué)、兒科學(xué)、老年醫(yī)學(xué)、神經(jīng)病學(xué)、精神病與精神衛(wèi)生學(xué)、皮膚病與性病學(xué)、影像醫(yī)學(xué)與核醫(yī)學(xué)、臨床檢驗(yàn)診斷學(xué)、外科學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、眼科學(xué)、耳鼻咽喉科學(xué)、腫瘤學(xué)、康復(fù)醫(yī)學(xué)與理療學(xué)、運(yùn)動(dòng)醫(yī)學(xué)、麻醉學(xué)、急診醫(yī)學(xué)、流行病與衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)學(xué)、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學(xué)、藥物化學(xué)、藥劑學(xué)、生藥學(xué)、藥物分析學(xué)、微生物與生化藥學(xué)、藥理學(xué)
碩士學(xué)位授權(quán)一級(jí)學(xué)科點(diǎn)（10個(gè)）
心理學(xué)、生物學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程、基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、口腔醫(yī)學(xué)、公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、中藥學(xué)、護(hù)理學(xué)
專(zhuān)業(yè)學(xué)位點(diǎn)（6個(gè)）
臨床醫(yī)學(xué)博士專(zhuān)業(yè)學(xué)位、臨床醫(yī)學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位、口腔醫(yī)學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位、公共衛(wèi)生碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位、藥學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位、中藥學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位
省級(jí)重點(diǎn)學(xué)科（19個(gè)）
藥理學(xué)、病原生物學(xué)、免疫學(xué)、病理學(xué)與病理生理學(xué)、兒少衛(wèi)生與婦幼保健學(xué)、口腔臨床醫(yī)學(xué)、社會(huì)醫(yī)學(xué)與衛(wèi)生事業(yè)管理、中藥學(xué)、老年醫(yī)學(xué)、內(nèi)科學(xué)（消化系病、傳染病、血液病）、神經(jīng)病學(xué)、外科學(xué)（泌尿外、骨外、普外）、婦產(chǎn)科學(xué)等
國(guó)家臨床重點(diǎn)專(zhuān)科（12個(gè)）
呼吸內(nèi)科、神經(jīng)內(nèi)科、泌尿外科、皮膚科、急診科、麻醉科、病理科等
教學(xué)建設(shè)
質(zhì)量工程
截至2014年4月，該校設(shè)有臨床醫(yī)學(xué)（七年制）、臨床醫(yī)學(xué)（五年制）、口腔醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、生物技術(shù)、護(hù)理學(xué)、公共事業(yè)管理、藥學(xué)、中藥學(xué)、醫(yī)事法學(xué)、食品質(zhì)量與安全、臨床藥學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程等24個(gè)本科專(zhuān)業(yè)。躋身國(guó)家“中西部高校基礎(chǔ)能力提升工程”，是國(guó)家級(jí)大學(xué)生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)訓(xùn)練計(jì)劃承擔(dān)高校。
《流行病學(xué)》、《臨床藥理學(xué)》是國(guó)家級(jí)精品課程，預(yù)防醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、公共事業(yè)管理專(zhuān)業(yè)是國(guó)家級(jí)高等學(xué)校特色專(zhuān)業(yè)建設(shè)點(diǎn)，臨床藥理學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)為國(guó)家級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)，公共衛(wèi)生與預(yù)防醫(yī)學(xué)實(shí)驗(yàn)教學(xué)中心獲批國(guó)家級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心。啟動(dòng)卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計(jì)劃，3個(gè)項(xiàng)目躋身國(guó)家級(jí)試點(diǎn)。1門(mén)課程入選教育部來(lái)華留學(xué)英語(yǔ)授課品牌課程。獲得國(guó)家級(jí)教學(xué)成果二等獎(jiǎng)一項(xiàng)  。
國(guó)家級(jí)“卓越醫(yī)生”教育培養(yǎng)計(jì)劃試點(diǎn)項(xiàng)目：面向農(nóng)村基層的全科醫(yī)生人才培養(yǎng)模式改革試點(diǎn)、臨床醫(yī)學(xué)碩士專(zhuān)業(yè)學(xué)位研究生培養(yǎng)模式改革試點(diǎn)、五年制臨床醫(yī)學(xué)人才培養(yǎng)模式改革試點(diǎn)
國(guó)家級(jí)專(zhuān)業(yè)綜合改革試點(diǎn)：藥學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)
省級(jí)特色專(zhuān)業(yè)：生物技術(shù)、口腔醫(yī)學(xué)、護(hù)理學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)（康復(fù)醫(yī)學(xué)）、衛(wèi)生檢驗(yàn)與檢疫、公共事業(yè)管理、麻醉學(xué)等
省級(jí)專(zhuān)業(yè)綜合改革試點(diǎn)：口腔醫(yī)學(xué)等
省級(jí)教學(xué)團(tuán)隊(duì)：醫(yī)學(xué)免疫學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、衛(wèi)生事業(yè)管理教學(xué)團(tuán)隊(duì)、《思維與溝通》教學(xué)團(tuán)隊(duì)、麻醉學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、藥理學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)、婦產(chǎn)科學(xué)教學(xué)團(tuán)隊(duì)等
省級(jí)實(shí)驗(yàn)教學(xué)示范中心：基礎(chǔ)核醫(yī)學(xué)與輻射防護(hù)實(shí)驗(yàn)中心、病原與免疫學(xué)實(shí)驗(yàn)中心、細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)中心、形態(tài)學(xué)實(shí)驗(yàn)中心、理化中心、機(jī)能學(xué)實(shí)驗(yàn)中心等
省級(jí)精品課程：實(shí)驗(yàn)室生物安全、外科學(xué)、醫(yī)學(xué)形態(tài)學(xué)實(shí)驗(yàn)課程、內(nèi)科學(xué)、分子生物學(xué)（研究生）、藥事管理學(xué)、兒科學(xué)、兒童少年衛(wèi)生學(xué)、細(xì)胞生物學(xué)、衛(wèi)生管理運(yùn)籌學(xué)、生理學(xué)、婦產(chǎn)科學(xué)、思維與溝通、兒科學(xué)、組織學(xué)與胚胎學(xué)、病理學(xué)、生物藥劑學(xué)與藥物動(dòng)力學(xué)、全科醫(yī)學(xué)概論、細(xì)胞生物學(xué)、生理學(xué)、病理生理學(xué)、生物化學(xué)、臨床流行病學(xué)等
安徽省人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)：醫(yī)藥復(fù)合型人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)、衛(wèi)生事業(yè)管理專(zhuān)業(yè)應(yīng)用型人才培養(yǎng)模式創(chuàng)新實(shí)驗(yàn)區(qū)